为进一步落实科学发展观，深入贯彻省、市人民政府科教兴赣战略，顺应新时期公共卫生改革和发展形势，全面提高市疾控中心公共卫生服务能力，市疾控中心根据我市公共卫生发展的需要，在疾病预防控制创新、填补国内外预防保健及卫生检验等方面先进和适宜新技术的引进及对全市乃至全省公共卫生发展具有指导意义和使用价值的公共卫生管理等方面开展了一系列科学研究，并取得了显著成绩。2003－2006年中心共有30项（次）课题通过国家、省、市科管部门审批立项，其中1项为国家科技部子课题。在2005年省卫生厅申报课题中，市疾控中心申报的《江西致倦库蚊抗药性监测实验研究》等6项课题经专家评审省批准立项，中标率100%。